Comparing protocols of DNA extraction from Escherichia coli: Analysis of purity and concentration by gel electrophoresis

Authors

  • Oslaene Alves de Brito Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Francisca Alves dos Santos Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Tassia Thais Al Yafawi Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Cícero Roberto Nascimento Saraiva Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Rakel Olinda Macedo da Silva Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Lívia Maria Garcia Leandro Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Pedro Everson Alexandre de Aquino Federal University of Ceara, CEP 60020-181, Fortaleza, Brazil
  • Dárcio Luiz de Sousa Júnior Federal University of Cariri, Crato, CEP 63130-025, Brazil
  • Maria Karollyna do Nascimento Silva Leandro Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil

DOI:

https://doi.org/10.47419/bjbabs.v3i02.123

Keywords:

DNA extraction, electrophoresis, Escherichia coli, SDS

Abstract

Background and objective: Given the difficulty in establishing an ideal method that can successfully extract bacterial deoxyribonucleic acid (DNA) in Gram-negative bacteria, the objective of this work was to compare protocols for the extraction of bacterial DNA and to suggest more practical, faster, and less costly methodologies.

Methods: Bacterial species used were Escherichia coli, provided by Dr. Leão Sampaio University Center. The evaluated/adapted methodologies were: sodium dodecyl sulfate (SDS); salting-out; Promega kit and cetyltrimethylammonium bromide (CTAB), and phenol/chloroform. Extracted DNA was examined by the agarose gel electrophoresis.

Results: The SDS method revealed the best result in extracting DNA from E. coli. Its advantages include rapidness, low cost, and good concentration of the extracted material. Others methods showed low-quality DNA, probably due to the presence of large amounts of proteins in the cell wall of E. coli, interfering with the quality of the samples.

Conclusions: It was concluded that the SDS method is better than others with better DNA quality, low cost, and good efficiency.

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Published

30-06-2022

How to Cite

Brito, O. A. de, Santos, F. A. dos, Al Yafawi, T. T., Saraiva, C. R. N., Macedo da Silva, R. O., Leandro, L. M. G., de Aquino, P. E. A., de Sousa Júnior, D. L., & Silva Leandro, M. K. do N. (2022). Comparing protocols of DNA extraction from Escherichia coli: Analysis of purity and concentration by gel electrophoresis. Baghdad Journal of Biochemistry and Applied Biological Sciences, 3(02), 133–144. https://doi.org/10.47419/bjbabs.v3i02.123

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