Comparing protocols of DNA extraction from Escherichia coli: Analysis of purity and concentration by gel electrophoresis

Authors

  • Oslaene Alves de Brito Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Francisca Alves dos Santos Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Tassia Thais Al Yafawi Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Cícero Roberto Nascimento Saraiva Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Rakel Olinda Macedo da Silva Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Lívia Maria Garcia Leandro Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
  • Pedro Everson Alexandre de Aquino Federal University of Ceara, CEP 60020-181, Fortaleza, Brazil
  • Dárcio Luiz de Sousa Júnior Federal University of Cariri, Crato, CEP 63130-025, Brazil
  • Maria Karollyna do Nascimento Silva Leandro Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil

DOI:

https://doi.org/10.47419/bjbabs.v3i02.123

Keywords:

DNA extraction, electrophoresis, Escherichia coli, SDS

Abstract

Background and objectives: Given the difficulty in establishing an ideal method that can successfully extract bacterial deoxyribonucleic acid (DNA) in Gram-negative bacteria, the objective of this work was to compare protocols for the extraction of bacterial DNA and to report the more practical, faster, and less costly ones.

Methods: Bacterial species used were Escherichia coli, provided by Dr. Leão Sampaio University Center. The methods used to extract bacterial DNA were: sodium dodecyl sulfate (SDS), salting-out, cetyltrimethylammonium bromide (CTAB)/Phenol-Chloroform, and commercial kit for DNA isolation from Promega. The extracted DNA by all the methods was detected and assessed by the agarose gel electrophoresis.

Results: The best result was that obtained by the SDS method, it showed the greatest advantage for bringing speed, low cost, and good concentration of the extracted material. The other methods showed low-quality DNA, probably due to the presence of large amounts of proteins in the cell wall of E. coli interfering with the quality of the samples.

Conclusions: It was concluded that the SDS method can provide better DNA in terms of quality, which is preferred for the amplification by the polymerase (PCR) chain reaction. This will be helpful for diagnostic microbiologists because of the low cost and good quality of the extracted DNA.

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Published

30-06-2022

How to Cite

Brito, O. A. de, Santos, F. A. dos, Al Yafawi, T. T., Saraiva, C. R. N., Macedo da Silva, R. O., Leandro, L. M. G., de Aquino, P. E. A., de Sousa Júnior, D. L., & Silva Leandro, M. K. do N. (2022). Comparing protocols of DNA extraction from Escherichia coli: Analysis of purity and concentration by gel electrophoresis. Baghdad Journal of Biochemistry and Applied Biological Sciences, 3(02), 133–144. https://doi.org/10.47419/bjbabs.v3i02.123

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