Comparing protocols of DNA extraction from Escherichia coli: Analysis of purity and concentration by gel electrophoresis

Oslaene Alves de Brito; Francisca Alves dos Santos; Tassia Thais Al Yafawi; Cícero Roberto Nascimento Saraiva; Rakel Olinda Macedo da Silva; Lívia Maria Garcia Leandro; Pedro Everson Alexandre de Aquino; Dárcio Luiz de Sousa Júnior; Maria Karollyna do Nascimento Silva Leandro

doi:10.47419/bjbabs.v3i02.123

Authors

Oslaene Alves de Brito Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
Francisca Alves dos Santos Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
Tassia Thais Al Yafawi Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
Cícero Roberto Nascimento Saraiva Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
Rakel Olinda Macedo da Silva Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
Lívia Maria Garcia Leandro Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil
Pedro Everson Alexandre de Aquino Federal University of Ceara, CEP 60020-181, Fortaleza, Brazil
Dárcio Luiz de Sousa Júnior Federal University of Cariri, Crato, CEP 63130-025, Brazil
Maria Karollyna do Nascimento Silva Leandro Doctor Leão Sampaio University Center, Juazeiro do Norte, CEP 63040-405, Brazil

DOI:

https://doi.org/10.47419/bjbabs.v3i02.123

Keywords:

DNA extraction, electrophoresis, Escherichia coli, SDS

Abstract

Background and objectives: Given the difficulty in establishing an ideal method that can successfully extract bacterial deoxyribonucleic acid (DNA) in Gram-negative bacteria, the objective of this work was to compare protocols for the extraction of bacterial DNA and to report the more practical, faster, and less costly ones.

Methods: Bacterial species used were Escherichia coli, provided by Dr. Leão Sampaio University Center. The methods used to extract bacterial DNA were: sodium dodecyl sulfate (SDS), salting-out, cetyltrimethylammonium bromide (CTAB)/Phenol-Chloroform, and commercial kit for DNA isolation from Promega. The extracted DNA by all the methods was detected and assessed by the agarose gel electrophoresis.

Results: The best result was that obtained by the SDS method, it showed the greatest advantage for bringing speed, low cost, and good concentration of the extracted material. The other methods showed low-quality DNA, probably due to the presence of large amounts of proteins in the cell wall of E. coli interfering with the quality of the samples.

Conclusions: It was concluded that the SDS method can provide better DNA in terms of quality, which is preferred for the amplification by the polymerase (PCR) chain reaction. This will be helpful for diagnostic microbiologists because of the low cost and good quality of the extracted DNA.

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